En apego al Plan Nacional de Desarrollo 2013 – 2018, el cual tiene como objetivo llevar a México a su máximo potencial, el INMEGEN es líder nacional e internacional en la investigación genómica y tiene como objetivo principal contribuir al cuidado de la salud de los mexicanos a través del desarrollo de proyectos de investigación científica con tecnología de vanguardia, formación de recursos humanos de excelencia y generación de aplicaciones genómicas innovadoras para mejorar la atención de la salud, con apego a principios éticos universales y de respeto a los Derechos humanos.

Así, la selección de áreas de investigación está influenciada por los avances que se observan en el contexto mundial de la investigación y los recursos humanos con que se cuenta. Esta propuesta enfatiza la importancia de que los programas de investigación científica contribuyan a resolver problemas específicos de las patologías más frecuentes en México.