Sitio del Instituto Nacional de Medicina Genómica




Curriculum Vitae

M. en C. Juan Carlos Fernández López

M. en C. Juan Carlos Fernández López

Investigador en Ciencias Médicas C
5350-1900 ext.1189
jfernandez@inmegen.gob.mx

Curso la ingeniería en sistemas computacionales en el Tecnológico de Estudios Superiores de Coacalco; obtuvo el grado de Maestría en Ciencias de la Computación de la Escuela de Ingeniería y Computación del Instituto Tecnológico y de Estudios Superiores de Monterrey. Actualmente es Investigador en Ciencias Médicas “C”, adscrito al Departamento de Genómica Computacional del INMEGEN y es miembro del Sistema Nacional de Investigadores (SNI) Nivel I.
Desde el año 2006 colabora en las líneas de investigación de Genómica de Poblaciones y Genómica Computacional, englobando proyectos dirigidos a Estudios de Asociación Genética de rasgos complejos, entre otros temas. Estas líneas han tenido contribuciones importantes, tales como en estudios sobre diversidad genómica de población mexicana, diseño de estrategias para el control del efecto de la estratificación poblacional en estudios de asociación genética en población mexicana y Latino Americana así como el diseño de estrategias y métodos computacionales para el análisis de datos genéticos de ADN.
Ha publicado a la fecha 25 artículos de investigación en revistas internacionales y 1 capítulo de libro. Muchos de los resultados de las líneas mencionados se han publicado en revistas del más alto impacto, tales como Nature, Science y PNAS. Cuenta con más de 7,000 citas a la fecha. Ha dirigido 3 de tesis de maestría. Desde 2010 es profesor de Diplomado en Genómica Computacional y Bioinformática. Ha recibido 6 premios y distinciones.

Artículos

  • Graham SE, Clarke SL, Wu KH, Kanoni S, Zajac GJM, Ramdas S, Surakka I, Ntalla I, Vedantam S, Winkler TW, Locke AE, Marouli E, Hwang MY, Han S, Narita A, Choudhury A, Bentley AR, Ekoru K, Verma A, Trivedi B, Martin HC, Hunt KA, Hui Q, Klarin D, Zhu X, Thorleifsson G, Helgadottir A, Gudbjartsson DF, Holm H, Olafsson I, Akiyama M, Sakaue S, Terao C, Kanai M, Zhou W, Brumpton BM, Rasheed H, Ruotsalainen SE, Havulinna AS, Veturi Y, Feng Q, Rosenthal EA, Lingren T, Pacheco JA, Pendergrass SA, Haessler J, Giulianini F, Bradford Y, Miller JE, Campbell A, Lin K, Millwood IY, Hindy G, Rasheed A, Faul JD, Zhao W, Weir DR, Turman C, Huang H, Graff M, Mahajan A, Brown MR, Zhang W, Yu K, Schmidt EM, Pandit A, Gustafsson S, Yin X, Luan J, Zhao JH, Matsuda F, Jang HM, Yoon K, Medina-Gomez C, Pitsillides A, Hottenga JJ, Willemsen G, Wood AR, Ji Y, Gao Z, Haworth S, Mitchell RE, Chai JF, Aadahl M, Yao J, Manichaikul A, Warren HR, Ramirez J, Bork-Jensen J, Karhus LL, Goel A, Sabater-Lleal M, Noordam R, Sidore C, Fiorillo E, McDaid AF, Marques-Vidal P, Wielscher M, Trompet S, Sattar N, Mollehave LT, Thuesen BH, Munz M, Zeng L, Huang J, Yang B, Poveda A, Kurbasic A, Lamina C, Forer L, Scholz M, Galesloot TE, Bradfield JP, Daw EW, Zmuda JM, Mitchell JS, Fuchsberger C, Christensen H, Brody JA, Feitosa MF, Wojczynski MK, Preuss M, Mangino M, Christofidou P, Verweij N, Benjamins JW, Engmann J, Kember RL, Slieker RC, Lo KS, Zilhao NR, Le P, Kleber ME, Delgado GE, Huo S, Ikeda DD, Iha H, Yang J, Liu J, Leonard HL, Marten J, Schmidt B, Arendt M, Smyth LJ, Canadas-Garre M, Wang C, Nakatochi M, Wong A, Hutri-Kahonen N, Sim X, Xia R, Huerta-Chagoya A, Fernandez-Lopez JC, Lyssenko V, Ahmed M, Jackson AU, Irvin MR, Oldmeadow C, Kim HN, Ryu S, Timmers PRHJ, Arbeeva L, Dorajoo R, Lange LA, Chai X, Prasad G, Lores-Motta L, Pauper M, Long J, Li X, Theusch E, Takeuchi F, Spracklen CN, Loukola A, Bollepalli S, Warner SC, Wang YX, Wei WB, Nutile T, Ruggiero D, Sung YJ, Hung YJ, Chen S, Liu F, Kentistou KA, Gorski M, Brumat M, Meidtner K, Bielak LF, Smith JA, Hebbar P, Farmaki AE, Hofer E, Lin M, Xue C, Zhang J, Concas MP, Vaccargiu S, van der Most PJ, Pitkanen N, Cade BE, Lee J, van der Laan SW, Chitrala KN, Weiss S, Zimmermann ME, Lee JY, Choi HS, Nethander M, Freitag-Wolf S, Southam L, Rayner NW, Wang CA, Lin SY, Wang JS, Couture C, Lyytikainen LP, Nikus K, Cuellar-Partida G, Vestergaard H, Hildalgo B, Giannakopoulou O, Cai Q, Obura MO, van Setten J, Schwander K, Terzikhan N, Shin JH, Jackson RD, Reiner AP, Martin LW, Chen Z, Li L, Highland HM, Young KL, Kawaguchi T, Thiery J, Bis JC, Nadkarni GN, Launer LJ, Li H, Nalls MA, Raitakari OT, Ichihara S, Wild SH, Nelson CP, Campbell H, Jager S, Nabika T, Al-Mulla F, Niinikoski H, Braund PS, Kolcic I, Kovacs P, Giardoglou T, Katsuya T, Bhatti KF, de Kleijn D, de Borst GJ, Kim EK, Adams HHH, Ikram MA, Asselbergs FW, Kraaijeveld AO, Beulens JWJ, Shu XO, Rallidis LS, Pedersen O, Hansen T, Mitchell P, Hewitt AW, Kahonen M, Perusse L, Bouchard C, Tonjes A, Chen YI, Pennell CE, Mori TA, Lieb W, Franke A, Ohlsson C, Mellstrom D, Cho YS, Lee H, Yuan JM, Koh WP, Rhee SY, Woo JT, Heid IM, Stark KJ, Volzke H, Homuth G, Evans MK, Zonderman AB, Polasek O, Pasterkamp G, Hoefer IE, Redline S, Pahkala K, Oldehinkel AJ, Snieder H, Biino G, Schmidt R, Schmidt H, Chen YE, Bandinelli S, Dedoussis G, Thanaraj TA, Kardia SLR, Kato N, Schulze MB, Girotto G, Jung B, Boger CA, Joshi PK, Bennett DA, De Jager PL, Lu X, Mamakou V, Brown M, Caulfield MJ, Munroe PB, Guo X, Ciullo M, Jonas JB, Samani NJ, Kaprio J, Pajukanta P, Adair LS, Bechayda SA, de Silva HJ, Wickremasinghe AR, Krauss RM, Wu JY, Zheng W, den Hollander AI, Bharadwaj D, Correa A, Wilson JG, Lind L, Heng CK, Nelson AE, Golightly YM, Wilson JF, Penninx B, Kim HL, Attia J, Scott RJ, Rao DC, Arnett DK, Walker M, Koistinen HA, Chandak GR, Yajnik CS, Mercader JM, Tusie-Luna T, Aguilar-Salinas CA, Villalpando CG, Orozco L, Fornage M, Tai ES, van Dam RM, Lehtimaki T, Chaturvedi N, Yokota M, Reilly DF, McKnight AJ, Kee F, Jockel KH, McCarthy MI, Palmer CNA, Vitart V, Hayward C, Simonsick E, van Duijn CM, Lu F, Qu J, Hishigaki H, Lin X, Marz W, Parra EJ, Cruz M, Gudnason V, Tardif JC, Lettre G, 't Hart LM, Elders PJM, Damrauer SM, Kumari M, Kivimaki M, van der Harst P, Spector TD, Loos RJF, Province MA, Psaty BM, Brandslund I, Pramstaller PP, Christensen K, Ripatti S, Widen E, Hakonarson H, Grant SFA, Kiemeney LALM, de Graaf J, Loeffler M, Kronenberg F, Gu D, Erdmann J, Schunkert H, Franks PW, Linneberg A, Jukema JW, Khera AV, Mannikko M, Jarvelin MR, Kutalik Z, Cucca F, Mook-Kanamori DO, van Dijk KW, Watkins H, Strachan DP, Grarup N, Sever P, Poulter N, Rotter JI, Dantoft TM, Karpe F, Neville MJ, Timpson NJ, Cheng CY, Wong TY, Khor CC, Sabanayagam C, Peters A, Gieger C, Hattersley AT, Pedersen NL, Magnusson PKE, Boomsma DI, de Geus EJC, Cupples LA, van Meurs JBJ, Ghanbari M, Gordon-Larsen P, Huang W, Kim YJ, Tabara Y, Wareham NJ, Langenberg C, Zeggini E, Kuusisto J, Laakso M, Ingelsson E, Abecasis G, Chambers JC, Kooner JS, de Vries PS, Morrison AC, North KE, Daviglus M, Kraft P, Martin NG, Whitfield JB, Abbas S, Saleheen D, Walters RG, Holmes MV, Black C, Smith BH, Justice AE, Baras A, Buring JE, Ridker PM, Chasman DI, Kooperberg C, Wei WQ, Jarvik GP, Namjou B, Hayes MG, Ritchie MD, Jousilahti P, Salomaa V, Hveem K, Asvold BO, Kubo M, Kamatani Y, Okada Y, Murakami Y, Thorsteinsdottir U, Stefansson K, Ho YL, Lynch JA, Rader DJ, Tsao PS, Chang KM, Cho K, O'Donnell CJ, Gaziano JM, Wilson P, Rotimi CN, Hazelhurst S, Ramsay M, Trembath RC, van Heel DA, Tamiya G, Yamamoto M, Kim BJ, Mohlke KL, Frayling TM, Hirschhorn JN, Kathiresan S, Boehnke M, Natarajan P, Peloso GM, Brown CD, Morris AP, Assimes TL, Deloukas P, Sun YV, Willer CJ. The power of genetic diversity in genome-wide association studies of lipids. Nature. 2021 Dec 9; :.

  • Romero-Cordoba SL, Salido-Guadarrama I, Rebollar-Vega R, Bautista-Pina V, Dominguez-Reyes C, Tenorio-Torres A, Villegas-Carlos F, Fernandez-Lopez JC, Uribe-Figueroa L, Alfaro-Ruiz L, Hidalgo-Miranda A. Comprehensive omic characterization of breast cancer in Mexican-Hispanic women. Nat Commun. 2021 Apr 14; 12(1):2245.

  • Aguilar-Ordonez I, Perez-Villatoro F, Garcia-Ortiz H, Barajas-Olmos F, Ballesteros-Villascan J, Gonzalez-Buenfil R, Fresno C, Garciarrubio A, Fernandez-Lopez JC, Tovar H, Hernandez-Lemus E, Orozco L, Soberon X, Morett E. Whole genome variation in 27 Mexican indigenous populations, demographic and biomedical insights. PLoS One. 2021; 16(4):e0249773.

  • Perez-Rubio G, Falfan-Valencia R, Fernandez-Lopez JC, Ramirez-Venegas A, Hernandez-Zenteno RJ, Flores-Trujillo F, Silva-Zolezzi I. Genetic Factors Associated with COPD Depend on the Ancestral Caucasian/Amerindian Component in the Mexican Population. Diagnostics (Basel). 2021 Mar 27; 11(4):.

  • Medina-Sanson A, Nunez-Enriquez JC, Hurtado-Cordova E, Perez-Saldivar ML, Martinez-Garcia A, Jimenez-Hernandez E, Fernandez-Lopez JC, Martin-Trejo JA, Perez-Lorenzana H, Flores-Lujano J, Amador-Sanchez R, Mora-Rios FG, Penaloza-Gonzalez JG, Duarte-Rodriguez DA, Torres-Nava JR, Flores-Bautista JE, Espinosa-Elizondo RM, Roman-Zepeda PF, Flores-Villegas LV, Gonzalez-Ulivarri JE, Martinez-Silva SI, Espinoza-Anrubio G, Almeida-Hernandez C, Ramirez-Colorado R, Hernandez-Mora L, Garcia-Lopez LR, Cruz-Ojeda GA, Godoy-Esquivel AE, Contreras-Hernandez I, Medina-Hernandez A, Lopez-Caballero MG, Hernandez-Pineda NA, Granados-Kraulles J, Rodriguez-Vazquez MA, Torres-Valle D, Cortes-Reyes C, Medrano-Lopez F, Perez-Gomez JA, Martinez-Rios A, Aguilar-De Los Santos A, Serafin-Diaz B, Bekker-Mendez VC, Mata-Rocha M, Morales-Castillo BA, Sepulveda-Robles OA, Ramirez-Bello J, Rosas-Vargas H, Hidalgo-Miranda A, Mejia-Arangure JM, Jimenez-Morales S. Genotype-Environment Interaction Analysis of NQO1, CYP2E1, and NAT2 Polymorphisms and the Risk of Childhood Acute Lymphoblastic Leukemia: A Report From the Mexican Interinstitutional Group for the Identification of the Causes of Childhood Leukemia. Front Oncol. 2020; 10:571869.

  • Rivera-Paredez B, Macias-Kauffer L, Fernandez-Lopez JC, Villalobos-Comparan M, Martinez-Aguilar MM, de la Cruz-Montoya A, Ramirez-Salazar EG, Villamil-Ramirez H, Quiterio M, Ramirez-Palacios P, Romero-Hidalgo S, Villarreal-Molina MT, Denova-Gutierrez E, Flores YN, Canizales-Quinteros S, Salmeron J, Velazquez-Cruz R. Influence of Genetic and Non-Genetic Risk Factors for Serum Uric Acid Levels and Hyperuricemia in Mexicans. Nutrients. 2019 Jun 14; 11(6):.

  • Fernandez-Lopez JC, Romero-Cordoba S, Rebollar-Vega R, Alfaro-Ruiz LA, Jimenez-Morales S, Beltran-Anaya F, Arellano-Llamas R, Cedro-Tanda A, Rios-Romero M, Ramirez-Florencio M, Bautista-Pina V, Dominguez-Reyes C, Villegas-Carlos F, Tenorio-Torres A, Hidalgo-Miranda A. Population and breast cancer patients' analysis reveals the diversity of genomic variation of the BRCA genes in the Mexican population. Hum Genomics. 2019 Jan 10; 13(1):3.

  • Huerta-Chagoya A, Moreno-Macias H, Fernandez-Lopez JC, Ordonez-Sanchez ML, Rodriguez-Guillen R, Contreras A, Hidalgo-Miranda A, Alfaro-Ruiz LA, Salazar-Fernandez EP, Moreno-Estrada A, Aguilar-Salinas CA, Tusie-Luna T. A panel of 32 AIMs suitable for population stratification correction and global ancestry estimation in Mexican mestizos. BMC Genet. 2019 Jan 8; 20(1):5.

  • Romero-Hidalgo S, Ochoa-Leyva A, Garciarrubio A, Acuna-Alonzo V, Antunez-Arguelles E, Balcazar-Quintero M, Barquera-Lozano R, Carnevale A, Cornejo-Granados F, Fernandez-Lopez JC, Garcia-Herrera R, Garcia-Ortiz H, Granados-Silvestre A, Granados J, Guerrero-Romero F, Hernandez-Lemus E, Leon-Mimila P, Macin-Perez G, Martinez-Hernandez A, Menjivar M, Morett E, Orozco L, Ortiz-Lopez G, Perez-Villatoro F, Rivera-Morales J, Riveros-McKay F, Villalobos-Comparan M, Villamil-Ramirez H, Villarreal-Molina T, Canizales-Quinteros S, Soberon X. Demographic history and biologically relevant genetic variation of Native Mexicans inferred from whole-genome sequencing. Nat Commun. 2017 Oct 18; 8(1):1005.

  • Villalobos-Comparan M, Jimenez-Ortega RF, Estrada K, Parra-Torres AY, Gonzalez-Mercado A, Patino N, Castillejos-Lopez M, Quiterio M, Fernandez-Lopez JC, Ibarra B, Romero-Hidalgo S, Salmeron J, Velazquez-Cruz R. A Pilot Genome-Wide Association Study in Postmenopausal Mexican-Mestizo Women Implicates the RMND1/CCDC170 Locus Is Associated with Bone Mineral Density. Int J Genomics. 2017; 2017:5831020.

  • Contreras-Cubas C, Sanchez-Hernandez BE, Garcia-Ortiz H, Martinez-Hernandez A, Barajas-Olmos F, Cid M, Mendoza-Caamal EC, Centeno-Cruz F, Ortiz-Cruz G, Jimenez-Lopez JC, Cordova EJ, Salas-Bautista EG, Saldana-Alvarez Y, Fernandez-Lopez JC, Mutchinick OM, Orozco L. Heterogenous Distribution of MTHFR Gene Variants among Mestizos and Diverse Amerindian Groups from Mexico. PLoS One. 2016; 11(9):e0163248.

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  • Perez-Rubio G, Silva-Zolezzi I, Fernandez-Lopez JC, Camarena A, Velazquez-Uncal M, Morales-Mandujano F, Hernandez-Zenteno RJ, Flores-Trujillo F, Sanchez-Romero C, Velazquez-Montero A, Espinosa de Los Monteros C, Sansores RH, Ramirez-Venegas A, Falfan-Valencia R. Genetic Variants in IL6R and ADAM19 are Associated with COPD Severity in a Mexican Mestizo Population. COPD. 2016 Apr 14; :1-6.

  • Fernandez-Figueroa EA, Imaz-Rosshandler I, Castillo-Fernandez JE, Miranda-Ortiz H, Fernandez-Lopez JC, Becker I, Rangel-Escareno C. Down-Regulation of TLR and JAK/STAT Pathway Genes Is Associated with Diffuse Cutaneous Leishmaniasis: A Gene Expression Analysis in NK Cells from Patients Infected with Leishmania mexicana. PLoS Neglected Tropical Diseases. 2016 Mar; 10(3):e0004570.

  • Forero DA, Wonkam A, Wang W, Laissue P, Lopez-Correa C, Fernandez-Lopez JC, Mugasimangalam R, Perry G. Current needs for human and medical genomics research infrastructure in low and middle income countries. J Med Genet. 2016 Jan 6; 53(7):438-40.

  • Bonifaz-Pena V, Contreras AV, Struchiner CJ, Roela RA, Furuya-Mazzotti TK, Chammas R, Rangel-Escareno C, Uribe-Figueroa L, Gomez-Vazquez MJ, McLeod HL, Hidalgo-Miranda A, Parra EJ, Fernandez-Lopez JC, Suarez-Kurtz G. Exploring the distribution of genetic markers of pharmacogenomics relevance in brazilian and mexican populations. PLoS One. 2014; 9(11):e112640.

  • Moreno-Estrada A, Gignoux CR, Fernandez-Lopez JC, Zakharia F, Sikora M, Contreras AV, Acuna-Alonzo V, Sandoval K, Eng C, Romero-Hidalgo S, Ortiz-Tello P, Robles V, Kenny EE, Nuno-Arana I, Barquera-Lozano R, Macin-Perez G, Granados-Arriola J, Huntsman S, Galanter JM, Via M, Ford JG, Chapela R, Rodriguez-Cintron W, Rodriguez-Santana JR, Romieu I, Sienra-Monge JJ, del Rio Navarro B, London SJ, Ruiz-Linares A, Garcia-Herrera R, Estrada K, Hidalgo-Miranda A, Jimenez-Sanchez G, Carnevale A, Soberon X, Canizales-Quinteros S, Rangel-Villalobos H, Silva-Zolezzi I, Burchard EG, Bustamante CD. Human genetics. The genetics of Mexico recapitulates Native American substructure and affects biomedical traits. Science. 2014 Jun 13; 344(6189):1280-5.

  • Estrada K, Aukrust I, Bjorkhaug L, Burtt NP, Mercader JM, Garcia-Ortiz H, Huerta-Chagoya A, Moreno-Macias H, Walford G, Flannick J, Williams AL, Gomez-Vazquez MJ, Fernandez-Lopez JC, Martinez-Hernandez A, Centeno-Cruz F, Mendoza-Caamal E, Revilla-Monsalve C, Islas-Andrade S, Cordova EJ, Soberon X, Gonzalez-Villalpando ME, Henderson E, Wilkens LR, Le Marchand L, Arellano-Campos O, Ordonez-Sanchez ML, Rodriguez-Torres M, Rodriguez-Guillen R, Riba L, Najmi LA, Jacobs SB, Fennell T, Gabriel S, Fontanillas P, Hanis CL, Lehman DM, Jenkinson CP, Abboud HE, Bell GI, Cortes ML, Boehnke M, Gonzalez-Villalpando C, Orozco L, Haiman CA, Tusie-Luna T, Aguilar-Salinas CA, Altshuler D, Njolstad PR, Florez JC, MacArthur DG. Association of a Low-Frequency Variant in HNF1A With Type 2 Diabetes in a Latino Population. JAMA. 2014 Jun 11; 311(22):2305-2314.

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  • Williams AL, Jacobs SB, Moreno-Macias H, Huerta-Chagoya A, Churchhouse C, Marquez-Luna C, Garcia-Ortiz H, Jose Gomez-Vazquez M, Burtt NP, Aguilar-Salinas CA, Gonzalez-Villalpando C, Florez JC, Orozco L, Haiman CA, Tusie-Luna T, Altshuler D, Ripke S, Manning AK, Neale B, Reich D, Stram DO, Fernandez-Lopez JC, Romero-Hidalgo S, Patterson N, Aguilar-Delfin I, Martinez-Hernandez A, Centeno-Cruz F, Mendoza-Caamal E, Revilla-Monsalve C, Islas-Andrade S, Cordova E, Rodriguez-Arellano E, Soberon X, Gonzalez-Villalpando ME, Henderson BE, Monroe K, Wilkens L, Kolonel LN, Le Marchand L, Riba L, Ordonez-Sanchez ML, Rodriguez-Guillen R, Cruz-Bautista I, Rodriguez-Torres M, Munoz-Hernandez LL, Saenz T, Gomez D, Alvirde U, Onofrio RC, Brodeur WM, Gage D, Murphy J, Franklin J, Mahan S, Ardlie K, Crenshaw AT, Winckler W, Prufer K, Shunkov MV, Sawyer S, Stenzel U, Kelso J, Lek M, Sankararaman S, Macarthur DG, Derevianko AP, Paabo S, Gopal S, Grammatikos JA, Smith IC, Bullock KH, Deik AA, Souza AL, Pierce KA, Clish CB, Fennell T, Farjoun Y, Genomics Platform B, Gabriel S, Gross MD, Pereira MA, Seielstad M, Koh WP, Tai ES, Flannick J, Fontanillas P, Morris A, Teslovich TM, Atzmon G, Blangero J, Bowden DW, Chambers J, Shin Cho Y, Duggirala R, Glaser B, Hanis C, Kooner J, Laakso M, Lee JY, Ying Teo Y, Wilson JG, Puppala S, Farook VS, Thameem F, Abboud HE, Defronzo RA, Jenkinson CP, Lehman DM, Curran JE, Cortes ML. Sequence variants in SLC16A11 are a common risk factor for type 2 diabetes in Mexico. Nature. 2013 Dec 25; 506(7486):97-101.

  • Hernández-Lemus E, Estrada-Gil K, Silva-Zolezzi I, Fernández-López J, Hidalgo-Miranda A, Jiménez-Sánchez G. Nonlinear Analysis Of Time Series In Genome-Wide Linkage Disequilibrium Data. AIP Conf Proc. 2008; 978:34-56.

  • Reich D, Patterson N, Campbell D, Tandon A, Mazieres S, Ray N, Parra MV, Rojas W, Duque C, Mesa N, Garcia LF, Triana O, Blair S, Maestre A, Dib JC, Bravi CM, Bailliet G, Corach D, Hunemeier T, Bortolini MC, Salzano FM, Petzl-Erler ML, Acuna-Alonzo V, Aguilar-Salinas C, Canizales-Quinteros S, Tusie-Luna T, Riba L, Rodriguez-Cruz M, Lopez-Alarcon M, Coral-Vazquez R, Canto-Cetina T, Silva-Zolezzi I, Fernandez-Lopez JC, Contreras AV, Jimenez-Sanchez G, Gomez-Vazquez MJ, Molina J, Carracedo A, Salas A, Gallo C, Poletti G, Witonsky DB, Alkorta-Aranburu G, Sukernik RI, Osipova L, Fedorova SA, Vasquez R, Villena M, Moreau C, Barrantes R, Pauls D, Excoffier L, Bedoya G, Rothhammer F, Dugoujon JM, Larrouy G, Klitz W, Labuda D, Kidd J, Kidd K, Di Rienzo A, Freimer NB, Price AL, Ruiz-Linares A. Reconstructing Native American population history. Nature. 2012 Aug 16; 488:370-4.

  • Banerji S, Cibulskis K, Rangel-Escareno C, Brown KK, Carter SL, Frederick AM, Lawrence MS, Sivachenko AY, Sougnez C, Zou L, Cortes ML, Fernandez-Lopez JC, Peng S, Ardlie KG, Auclair D, Bautista-Pina V, Duke F, Francis J, Jung J, Maffuz-Aziz A, Onofrio RC, Parkin M, Pho NH, Quintanar-Jurado V, Ramos AH, Rebollar-Vega R, Rodriguez-Cuevas S, Romero-Cordoba SL, Schumacher SE, Stransky N, Thompson KM, Uribe-Figueroa L, Baselga J, Beroukhim R, Polyak K, Sgroi DC, Richardson AL, Jimenez-Sanchez G, Lander ES, Gabriel SB, Garraway LA, Golub TR, Melendez-Zajgla J, Toker A, Getz G, Hidalgo-Miranda A, Meyerson M. Sequence analysis of mutations and translocations across breast cancer subtypes. Nature. 2012 Jun 21; 486(7403):405-9.

  • Galanter JM, Fernandez-Lopez JC, Gignoux CR, Barnholtz-Sloan J, Fernandez-Rozadilla C, Via M, Hidalgo-Miranda A, Contreras AV, Figueroa LU, Raska P, Jimenez-Sanchez G, Zolezzi IS, Torres M, Ponte CR, Ruiz Y, Salas A, Nguyen E, Eng C, Borjas L, Zabala W, Barreto G, Gonzalez FR, Ibarra A, Taboada P, Porras L, Moreno F, Bigham A, Gutierrez G, Brutsaert T, Leon-Velarde F, Moore LG, Vargas E, Cruz M, Escobedo J, Rodriguez-Santana J, Rodriguez-Cintron W, Chapela R, Ford JG, Bustamante C, Seminara D, Shriver M, Ziv E, Burchard EG, Haile R, Parra E, Carracedo A. Development of a panel of genome-wide ancestry informative markers to study admixture throughout the Americas. PLoS Genet. 2012 Mar; 8(3):e1002554.

  • Balam-Ortiz E, Esquivel-Villarreal A, Huerta-Hernandez D, Fernandez-Lopez JC, Alfaro-Ruiz L, Munoz-Monroy O, Gutierrez R, Figueroa-Genis E, Carrillo K, Elizalde A, Hidalgo A, Rodriguez M, Urushihara M, Kobori H, Jimenez-Sanchez G. Hypercontrols in genotype-phenotype analysis reveal ancestral haplotypes associated with essential hypertension. Hypertension. 2012 Apr; 59(4):847-53.

  • Lohr JG, Stojanov P, Lawrence MS, Auclair D, Chapuy B, Sougnez C, Cruz-Gordillo P, Knoechel B, Asmann YW, Slager SL, Novak AJ, Dogan A, Ansell SM, Link BK, Zou L, Gould J, Saksena G, Stransky N, Rangel-Escareno C, Fernandez-Lopez JC, Hidalgo-Miranda A, Melendez-Zajgla J, Hernandez-Lemus E, Schwarz-Cruz y Celis A, Imaz-Rosshandler I, Ojesina AI, Jung J, Pedamallu CS, Lander ES, Habermann TM, Cerhan JR, Shipp MA, Getz G, Golub TR. Discovery and prioritization of somatic mutations in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) by whole-exome sequencing. Proc Natl Acad Sci USA. 2012 Mar 6; 109(10):3879-84.

  • Stransky N, Egloff AM, Tward AD, Kostic AD, Cibulskis K, Sivachenko A, Kryukov GV, Lawrence MS, Sougnez C, McKenna A, Shefler E, Ramos AH, Stojanov P, Carter SL, Voet D, Cortes ML, Auclair D, Berger MF, Saksena G, Guiducci C, Onofrio RC, Parkin M, Romkes M, Weissfeld JL, Seethala RR, Wang L, Rangel-Escareno C, Fernandez-Lopez JC, Hidalgo-Miranda A, Melendez-Zajgla J, Winckler W, Ardlie K, Gabriel SB, Meyerson M, Lander ES, Getz G, Golub TR, Garraway LA, Grandis JR. The mutational landscape of head and neck squamous cell carcinoma. Science. 2011 Aug 26; 333(6046):1157-60.

  • Sanchez-Giron F, Villegas-Torres B, Jaramillo-Villafuerte K, Silva-Zolezzi I, Fernandez-Lopez JC, Jimenez-Sanchez G, Carnevale A. Association of the genetic marker for abacavir hypersensitivity HLA-B*5701 with HCP5 rs2395029 in Mexican Mestizos. Pharmacogenomics. 2011 Jun; 12(6):809-14.

  • Silva-Zolezzi I, Hidalgo-Miranda A, Estrada-Gil J, Fernandez-Lopez JC, Uribe-Figueroa L, Contreras A, Balam-Ortiz E, del Bosque-Plata L, Velazquez-Fernandez D, Lara C, Goya R, Hernandez-Lemus E, Davila C, Barrientos E, March S, Jimenez-Sanchez G. Analysis of genomic diversity in Mexican Mestizo populations to develop genomic medicine in Mexico. Proc Natl Acad Sci USA. 2009 May 26; 106(21):8611-6.

  • Estrada-Gil JK, Fernandez-Lopez JC, Hernandez-Lemus E, Silva-Zolezzi I, Hidalgo-Miranda A, Jimenez-Sanchez G, Vallejo-Clemente EE. GPDTI: a Genetic Programming Decision Tree induction method to find epistatic effects in common complex diseases. Bioinformatics. 2007 Jul 1; 23(13):i167-74.

En curso

Terminados

  • Análisis de Variabilidad Genómica y Composición Étnica en Pacientes Mexicanos con Esclerosis Múltiple
  • Caracterización de variabilidad genética en población indígena mexicana (100G-MX)
  • Densidad mineral ósea y osteoporosis en mujeres mexicanas: estudio de asociación de genoma completo.
  • Estructura Genómica y Mapa de Haplotipos de la Población Mexicana
  • Factores genéticos y ambientales asociados a la obesidad en niños escolares.
  • Frecuencia en población mexicana de variantes genéticas que interactúan con la dieta en el desarrollo de enfermedades crónicas
  • Identificación de variantes funcionales en genes candidato asociados con el riesgo al desarrollo de síndrome metabólico en grupos indígenas y población mestiza mexicana
  • Impacto de factores genéticos y ambientales en la Susceptibilidad a Enfermedad Hepática en una cohorte de adultos mexicanos
  • Metagenómica de enfermedades infecciosas emergentes y reemergentes transmitidas por artrópodos de la zona del Golfo de México

Ha colaborado en proyectos y/o publicaciones con:

Dr. Alfredo Hidalgo Miranda
Número de colaboraciones: 10
Dr. Gerardo Jimenez Sánchez
Dr. Gerardo Jimenez Sánchez
Número de colaboraciones: 9
Dra. Claudia Rangel Escareño
Número de colaboraciones: 8
Dra. Alejandra Virginia Contreras
Dra. Alejandra Virginia Contreras
Número de colaboraciones: 7


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