Sitio del Instituto Nacional de Medicina Genómica

Cursó la licenciatura en Biología en la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México, obtuvo el grado de Maestría y Doctorado en Ciencias en la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México. Realizó diferentes estancias de investigación en el Centro de Biología Molecular “Severo Ochoa”. Universidad Autónoma de Madrid, Madrid, España y en el Lawrence Livermore National Laboratory en Livermore, CA, USA. Actualmente es Investigadora en Ciencias Médicas “C”, adscrita al laboratorio Inmunogenómica y enfermedades metabólicas del INMEGEN y miembro del Sistema Nacional de Investigadores (SNI) Nivel I.
Desde el 2008 participa en la línea de investigación en Genómica de enfermedades metabólica y genómica de poblaciones. Ha publicado 29 artículos de investigación en revistas internacionales y nacionales. Muchos de los resultados de las líneas mencionados se han publicado en revistas del más alto impacto, tales como Nature, Cell, JAMA, Diabetes Care y cuenta con cerca de 1500 citas. Forma parte de los consorcios internacionales SIGMA Type 2 Diabetes Consortium y ExAc (Exome Agregation Consortium). Ha dirigido 8 tesis, que incluyen 2 de posgrado y 6 de licenciatura. Desde el 2017 es profesor adjunto del Curso de Alta Especialidad en Medicina Genómica.

Artículos

• Contreras-Cubas C, Garcia-Ortiz H, Velazquez-Cruz R, Barajas-Olmos F, Baca P, Martinez-Hernandez A, Barbosa-Cobos RE, Ramirez-Bello J, Lopez-Hernandez MA, Svyryd Y, Mutchinick OM, Baca V, Orozco L. Catalytically Impaired TYK2 Variants are Protective Against Childhood- and Adult-Onset Systemic Lupus Erythematosus in Mexicans. Sci Rep. 2019 Aug 21; 9(1):12165.

• Flannick J, Mercader JM, Fuchsberger C, Udler MS, Mahajan A, Wessel J, Teslovich TM, Caulkins L, Koesterer R, Barajas-Olmos F, Blackwell TW, Boerwinkle E, Brody JA, Centeno-Cruz F, Chen L, Chen S, Contreras-Cubas C, Cordova E, Correa A, Cortes M, DeFronzo RA, Dolan L, Drews KL, Elliott A, Floyd JS, Gabriel S, Garay-Sevilla ME, Garcia-Ortiz H, Gross M, Han S, Heard-Costa NL, Jackson AU, Jorgensen ME, Kang HM, Kelsey M, Kim BJ, Koistinen HA, Kuusisto J, Leader JB, Linneberg A, Liu CT, Liu J, Lyssenko V, Manning AK, Marcketta A, Malacara-Hernandez JM, Martinez-Hernandez A, Matsuo K, Mayer-Davis E, Mendoza-Caamal E, Mohlke KL, Morrison AC, Ndungu A, Ng MCY, O'Dushlaine C, Payne AJ, Pihoker C, Post WS, Preuss M, Psaty BM, Vasan RS, Rayner NW, Reiner AP, Revilla-Monsalve C, Robertson NR, Santoro N, Schurmann C, So WY, Soberon X, Stringham HM, Strom TM, Tam CHT, Thameem F, Tomlinson B, Torres JM, Tracy RP, van Dam RM, Vujkovic M, Wang S, Welch RP, Witte DR, Wong TY, Atzmon G, Barzilai N, Blangero J, Bonnycastle LL, Bowden DW, Chambers JC, Chan E, Cheng CY, Cho YS, Collins FS, de Vries PS, Duggirala R, Glaser B, Gonzalez C, Gonzalez ME, Groop L, Kooner JS, Kwak SH, Laakso M, Lehman DM, Nilsson P, Spector TD, Tai ES, Tuomi T, Tuomilehto J, Wilson JG, Aguilar-Salinas CA, Bottinger E, Burke B, Carey DJ, Chan JCN, Dupuis J, Frossard P, Heckbert SR, Hwang MY, Kim YJ, Kirchner HL, Lee JY, Lee J, Loos RJF, Ma RCW, Morris AD, O'Donnell CJ, Palmer CNA, Pankow J, Park KS, Rasheed A, Saleheen D, Sim X, Small KS, Teo YY, Haiman C, Hanis CL, Henderson BE, Orozco L, Tusie-Luna T, Dewey FE, Baras A, Gieger C, Meitinger T, Strauch K, Lange L, Grarup N, Hansen T, Pedersen O, Zeitler P, Dabelea D, Abecasis G, Bell GI, Cox NJ, Seielstad M, Sladek R, Meigs JB, Rich SS, Rotter JI, Altshuler D, Burtt NP, Scott LJ, Morris AP, Florez JC, McCarthy MI, Boehnke M. Exome sequencing of 20,791 cases of type 2 diabetes and 24,440 controls. Nature. 2019 Jun; 570(7759):71-76.

• Martinez-Hernandez A, Larrosa J, Barajas-Olmos F, Garcia-Ortiz H, Mendoza-Caamal EC, Contreras-Cubas C, Mirzaeicheshmeh E, Lezana JL, Orozco L. Next-generation sequencing for identifying a novel/de novo pathogenic variant in a Mexican patient with cystic fibrosis: a case report. BMC Med Genomics. 2019 May 22; 12(1):68.

• Berumen J, Orozco L, Betancourt-Cravioto M, Gallardo H, Zulueta M, Mendizabal L, Simon L, Benuto RE, Ramirez-Campos E, Marin M, Juarez E, Garcia-Ortiz H, Martinez-Hernandez A, Venegas-Vega C, Peralta-Romero J, Cruz M, Tapia-Conyer R. Influence of obesity, parental history of diabetes, and genes in type 2 diabetes: A case-control study. Sci Rep. 2019 Feb 26; 9(1):2748.

• Bastarrachea RA, Laviada-Molina HA, Nava-Gonzalez EJ, Leal-Berumen I, Escudero-Lourdes C, Escalante-Araiza F, Peschard VG, Veloz-Garza RA, Haack K, Martinez-Hernandez A, Barajas-Olmos FM, Molina-Segui F, Buenfil-Rello FA, Gonzalez-Ramirez L, Janssen-Aguilar R, Lopez-Munoz R, Perez-Cetina F, Gaytan-Saucedo JF, Vaquera Z, Cornejo-Barrera J, Castillo-Pineda JC, Murillo-Ramirez A, Diaz-Tena SP, Figueroa-Nunez B, Gonzalez-Lopez L, Salinas-Osornio RA, Valencia-Rendon ME, Angeles-Chimal J, Santa-Olalla Tapia J, Remes-Troche JM, Valdovinos-Chavez SB, Huerta-Avila EE, Han X, Orozco L, Rodriguez-Ayala E, Weintraub S, Gallegos-Cabrales EC, Cole SA, Kent JW Jr. Deep Multi-OMICs and Multi-Tissue Characterization in a Pre- and Postprandial State in Human Volunteers: The GEMM Family Study Research Design. Genes (Basel). 2018 Nov 2; 9(11):.

• Cid-Soto MA, Martinez-Hernandez A, Garcia-Ortiz H, Cordova EJ, Barajas-Olmos F, Centeno-Cruz F, Contreras-Cubas C, Mendoza-Caamal EC, Ciceron-Arellano I, Morales-Rivera MI, Jimenez-Ruiz JL, Salas-Martinez G, Saldana-Alvarez Y, Revilla-Monsalve C, Islas-Andrade S, Orozco L. Gene variants in AKT1, GCKR and SOCS3 are differentially associated with metabolic traits in Mexican Amerindians and Mestizos. Gene. 2018 Dec 30; 679:160-171.

• Rivera-Paredez B, Macias N, Martinez-Aguilar MM, Hidalgo-Bravo A, Flores M, Quezada-Sanchez AD, Denova-Gutierrez E, Cid M, Martinez-Hernandez A, Orozco L, Quiterio M, Flores YN, Salmeron J, Velazquez-Cruz R. Association between Vitamin D Deficiency and Single Nucleotide Polymorphisms in the Vitamin D Receptor and GC Genes and Analysis of Their Distribution in Mexican Postmenopausal Women. Nutrients. 2018 Aug 27; 10(9):.

• De la Torre-Garcia O, Mar-Aldama R, Salgado-Sangri R, Diaz-Gomez N, Bonilla-Arcaute L, Diaz-Ponce-Medrano J, Guevara-Yanez R, Cordova EJ, Monge-Cazares T, Orozco L, Martinez-Hernandez A. A homozygous CEP57 c.915_925dupCAATGTTCAGC mutation in a patient with mosaic variegated aneuploidy syndrome with rhizomelic shortening in the upper and lower limbs and a narrow thorax. Eur J Med Genet. 2018 Jul 17; :.

• Barajas-Olmos F, Centeno-Cruz F, Zerrweck C, Imaz-Rosshandler I, Martinez-Hernandez A, Cordova EJ, Rangel-Escareno C, Galvez F, Castillo A, Maydon H, Campos F, Maldonado-Pintado DG, Orozco L. Altered DNA methylation in liver and adipose tissues derived from individuals with obesity and type 2 diabetes. BMC Med Genet. 2018 Feb 21; 19(1):28.

• Palma-Cano LE, Cordova EJ, Orozco L, Martinez-Hernandez A, Cid M, Leal-Berumen I, Licon-Trillo A, Lechuga-Valles R, Gonzalez-Ponce M, Gonzalez-Rodriguez E, Moreno-Brito V. GSTT1 and GSTM1 null variants in Mestizo and Amerindian populations from northwestern Mexico and a literature review. Genet Mol Biol. 2017 Oct-Dec; 40(4):727-735.

• Romero-Hidalgo S, Ochoa-Leyva A, Garciarrubio A, Acuna-Alonzo V, Antunez-Arguelles E, Balcazar-Quintero M, Barquera-Lozano R, Carnevale A, Cornejo-Granados F, Fernandez-Lopez JC, Garcia-Herrera R, Garcia-Ortiz H, Granados-Silvestre A, Granados J, Guerrero-Romero F, Hernandez-Lemus E, Leon-Mimila P, Macin-Perez G, Martinez-Hernandez A, Menjivar M, Morett E, Orozco L, Ortiz-Lopez G, Perez-Villatoro F, Rivera-Morales J, Riveros-McKay F, Villalobos-Comparan M, Villamil-Ramirez H, Villarreal-Molina T, Canizales-Quinteros S, Soberon X. Demographic history and biologically relevant genetic variation of Native Mexicans inferred from whole-genome sequencing. Nat Commun. 2017 Oct 18; 8(1):1005.

• Mercader JM, Liao RG, Bell AD, Dymek Z, Estrada K, Tukiainen T, Huerta-Chagoya A, Moreno-Macias H, Jablonski KA, Hanson RL, Walford GA, Moran I, Chen L, Agarwala V, Ordonez-Sanchez ML, Rodriguez-Guillen R, Rodriguez-Torres M, Segura-Kato Y, Garcia-Ortiz H, Centeno-Cruz F, Barajas-Olmos F, Caulkins L, Puppala S, Fontanillas P, Williams AL, Bonas-Guarch S, Hartl C, Ripke S, Tooley K, Lane J, Zerrweck C, Martinez-Hernandez A, Cordova EJ, Mendoza-Caamal E, Contreras-Cubas C, Gonzalez-Villalpando ME, Cruz-Bautista I, Munoz-Hernandez L, Gomez-Velasco D, Alvirde U, Henderson BE, Wilkens LR, Le Marchand L, Arellano-Campos O, Riba L, Harden M, Gabriel S, Abboud HE, Cortes ML, Revilla-Monsalve C, Islas-Andrade S, Soberon X, Curran JE, Jenkinson CP, DeFronzo RA, Lehman DM, Hanis CL, Bell GI, Boehnke M, Blangero J, Duggirala R, Saxena R, MacArthur D, Ferrer J, McCarroll SA, Torrents D, Knowler WC, Baier LJ, Burtt N, Gonzalez-Villalpando C, Haiman CA, Aguilar-Salinas CA, Tusie-Luna T, Flannick J, Jacobs SBR, Orozco L, Altshuler D, Florez JC. A Loss-of-Function Splice Acceptor Variant in IGF2 Is Protective for Type 2 Diabetes. Diabetes. 2017 Nov; 66(11):2903-2914.

• Contreras-Cubas C, Sanchez-Hernandez BE, Garcia-Ortiz H, Martinez-Hernandez A, Barajas-Olmos F, Cid M, Mendoza-Caamal EC, Centeno-Cruz F, Ortiz-Cruz G, Jimenez-Lopez JC, Cordova EJ, Salas-Bautista EG, Saldana-Alvarez Y, Fernandez-Lopez JC, Mutchinick OM, Orozco L. Heterogenous Distribution of MTHFR Gene Variants among Mestizos and Diverse Amerindian Groups from Mexico. PLoS One. 2016; 11(9):e0163248.

• Moran J, Ramirez G, Jimenez L, Cruz A, Perez-Patrigeon S, Hidalgo A, Orozco L, Martinez A, Padilla L, Avila-Moreno F, Cabello C, Granados J, Ortiz-Quintero B, Ramirez-Venegas A, Ruiz-Palacios GM, Zlotnik A, Merino E, Zuniga J. Circulating levels of miR-150 are associated with poorer outcomes of A/H1N1 infection. Exp Mol Pathol. 2015 Jul 3; 99(2):253-261.

• Martinez-Hernandez A, Cordova EJ, Rosillo-Salazar O, Garcia-Ortiz H, Contreras-Cubas C, Islas-Andrade S, Revilla-Monsalve C, Salas-Labadia C, Orozco L. Association of HMOX1 and NQO1 Polymorphisms with Metabolic Syndrome Components. PLoS One. 2015; 10(5):e0123313.

• Morales-Marin ME, Cordova EJ, Centeno F, Martinez-Hernandez A, Mendez-Garcia A, Molina B, Frias S, Orozco L. NFE2L2 Gene Variants and Arsenic Susceptibility: A Lymphoblastoid Model. J Toxicol Environ Health A. 2015; 78(10):628-34.

• Estrada K, Aukrust I, Bjorkhaug L, Burtt NP, Mercader JM, Garcia-Ortiz H, Huerta-Chagoya A, Moreno-Macias H, Walford G, Flannick J, Williams AL, Gomez-Vazquez MJ, Fernandez-Lopez JC, Martinez-Hernandez A, Centeno-Cruz F, Mendoza-Caamal E, Revilla-Monsalve C, Islas-Andrade S, Cordova EJ, Soberon X, Gonzalez-Villalpando ME, Henderson E, Wilkens LR, Le Marchand L, Arellano-Campos O, Ordonez-Sanchez ML, Rodriguez-Torres M, Rodriguez-Guillen R, Riba L, Najmi LA, Jacobs SB, Fennell T, Gabriel S, Fontanillas P, Hanis CL, Lehman DM, Jenkinson CP, Abboud HE, Bell GI, Cortes ML, Boehnke M, Gonzalez-Villalpando C, Orozco L, Haiman CA, Tusie-Luna T, Aguilar-Salinas CA, Altshuler D, Njolstad PR, Florez JC, MacArthur DG. Association of a Low-Frequency Variant in HNF1A With Type 2 Diabetes in a Latino Population. JAMA. 2014 Jun 11; 311(22):2305-2314.

• Cordova EJ, Martinez-Hernandez A, Uribe-Figueroa L, Centeno F, Morales-Marin M, Koneru H, Coleman MA, Orozco L. The NRF2-KEAP1 Pathway Is an Early Responsive Gene Network in Arsenic Exposed Lymphoblastoid Cells. PLoS One. 2014; 9(2):e88069.

• Williams AL, Jacobs SB, Moreno-Macias H, Huerta-Chagoya A, Churchhouse C, Marquez-Luna C, Garcia-Ortiz H, Jose Gomez-Vazquez M, Burtt NP, Aguilar-Salinas CA, Gonzalez-Villalpando C, Florez JC, Orozco L, Haiman CA, Tusie-Luna T, Altshuler D, Ripke S, Manning AK, Neale B, Reich D, Stram DO, Fernandez-Lopez JC, Romero-Hidalgo S, Patterson N, Aguilar-Delfin I, Martinez-Hernandez A, Centeno-Cruz F, Mendoza-Caamal E, Revilla-Monsalve C, Islas-Andrade S, Cordova E, Rodriguez-Arellano E, Soberon X, Gonzalez-Villalpando ME, Henderson BE, Monroe K, Wilkens L, Kolonel LN, Le Marchand L, Riba L, Ordonez-Sanchez ML, Rodriguez-Guillen R, Cruz-Bautista I, Rodriguez-Torres M, Munoz-Hernandez LL, Saenz T, Gomez D, Alvirde U, Onofrio RC, Brodeur WM, Gage D, Murphy J, Franklin J, Mahan S, Ardlie K, Crenshaw AT, Winckler W, Prufer K, Shunkov MV, Sawyer S, Stenzel U, Kelso J, Lek M, Sankararaman S, Macarthur DG, Derevianko AP, Paabo S, Gopal S, Grammatikos JA, Smith IC, Bullock KH, Deik AA, Souza AL, Pierce KA, Clish CB, Fennell T, Farjoun Y, Genomics Platform B, Gabriel S, Gross MD, Pereira MA, Seielstad M, Koh WP, Tai ES, Flannick J, Fontanillas P, Morris A, Teslovich TM, Atzmon G, Blangero J, Bowden DW, Chambers J, Shin Cho Y, Duggirala R, Glaser B, Hanis C, Kooner J, Laakso M, Lee JY, Ying Teo Y, Wilson JG, Puppala S, Farook VS, Thameem F, Abboud HE, Defronzo RA, Jenkinson CP, Lehman DM, Curran JE, Cortes ML. Sequence variants in SLC16A11 are a common risk factor for type 2 diabetes in Mexico. Nature. 2013 Dec 25; 506(7486):97-101.

• Martinez A, Coleman M, Romero-Talamas CA, Frias S. An assessment of immediate DNA damage to occupationally exposed workers to low dose ionizing radiation by using the comet assay.. Rev Invest Clin. 2010 Jan-Feb; 62(1):23-30.

• Martinez A, Ramos S, Gonzalez-del Angel A, Alcantara MA, Molina B, Carnevale A. Duplication 2p and monosomy 8p in mosaicism: clinical, molecular cytogenetic and molecular markers of a unique case. Rev Invest Clin. 2007 Nov-Dec; 59(6):444-8.

• Urraca N, Arenas-Sordo Mde L, Ortiz-Dominguez A, Martinez A, Molina B, Galvez A, Nicolini H. An 8q21 deletion in a patient with comorbid psychosis and mental retardation. CNS Spectr. 2005 Nov; 10(11):864-6.

• Martinez Angelica, Blanco Beatriz, Frias Sara, ora Maria Antonieta, Carnevale Alessandra. Assessment Of Immediate Dna Damage To Workers Occupationall Exposed To Radiation Using The Alkaline Unicellular Electrophoresis Technique. Mutat Res. 2004; :0-0.

• Perez-Vera P, Mujica-Sanchez M, Carnevale A, Rivera-Luna R, Paredes R, Martinez A, Frias S. Cytogenetics in acute lymphoblastic leukemia in Mexican children: an institutional experience. Arch Med Res. 2001 May-Jun; 32(3):202-7.

Estancia Posdoctoral

• Guadalupe León Reyes

Tesista de Doctorado

• Fabiola Escalante Araiza
• Miguel Ángel Cid Soto

Tesista de Maestría

• Diana Cristina Moreno Entzin

Tesista de Licenciatura

• David Girón Villalobos
• David Valentín Vázquez Moreno

Estancia Voluntaria

• Karla Ivette López Vera

En curso

• Bases genómicas del metabolismo postrandial
• Caracterización de variabilidad genética en población indígena mexicana (100G-MX)
• DIVERSIDAD GENÓMICA Y VARIANTES RARAS QUE CONTRIBUYEN AL DESARROLLO DE LAS ENFERMEDADES CRÓNICO-DEGENERATIVAS EN LOS GRUPOS INDÍGENAS DEL TERRITORIO MEXICANO
• ESTRUCTURA DEL GENOMA MITOCONDRIAL EN POBLACIONES AMERINDIAS DE MÉXICO: IDENTIFICACION DE HAPLOGRUPOS ASOCIADOS A ENFERMEDADES COMUNES
• Evaluación del impacto de la dieta tradicional e industrializada en la diversidad de la microbiota intestinal y su efecto en la predisposición a enfermedades metabólicas en población mexicana
• GENÓMICA, METABOLÓMICA, Y MICROBIOMA DE LOS TRASTORNOS DE LA CONDUCTA ALIMENTARIA Y OBESIDAD
• IDENTIFICACIÓN DE ALTERACIONES PERSISTENTES EN LA METILACIÓN DE DNA DURANTE LA DIFERENCIACIÓN DEL ADIPOCITO EN PACIENTES OBESOS DIABÉTICOS Y NO DIABÉTICOS
• IDENTIFICACIÓN DE BIOMARCADORES DE SUSCEPTIBILIDAD PARA DIABETES MELLITUS TIPO 2 Y OBESIDAD, MEDIANTE LA CARACTERIZACIÓN DE PERFILES DE EXPRESIÓN, EPIGENÓMICOS Y METABOLÓMICOS.
• Identificación de variantes funcionales en genes candidato asociados con el riesgo al desarrollo de síndrome metabólico en grupos indígenas y población mestiza mexicana
• Identificación del espectro total de mutaciones del gen CFTR y asociación de genes modificadores con la gravedad de fibrosis quística en pacientes mexicanos
• Perfil de expresión diferencial de microRNAs en plasma de adultos con síndrome metabólico. MODALIDAD: PROYECTO DE GRUPO
• Remodelación de la metilación de DNA en tejido adiposo de pacientes obesos con Diabetes Mellitus tipo 2 después de cirugía bariátrica

Terminados

• Bases genómicas del Síndrome Metabólico en la Población Mexicana
• DIABETES MÉXICO Iniciativa del Instituto Carlos Slim para la Salud
• ESTUDIO INTEGRAL DEL GENOMA, PROTEOMA Y METABOLOMA EN ABORTOS Y NACIDOS VIVOS CON ANEUPLOIDÍAS. BÚSQUEDA DE BIOMARCADORES NO INVASIVOS.
• Factores genéticos amerindios y variantes raras que contribuyen al desarrollo de la diabetes mellitus tipo 2 en familias indígenas rurales de la Cd. de México.
• PROYECTO DE CONTINUIDAD: ANÁLISIS DE VARIANTES GÉNICAS ASOCIADAS A DIABETES EN LA POBLACIÓN INDÍGENA MEXICANA.