Cursó la licenciatura en Física en la Universidad Autonoma Metropolitana; obtuvo el grado de Maestría en Ciencias (Física) y el Doctorado en Ciencias (Física) de la misma Universidad. Ha realizado estancias posdoctorales y de investigación en universidades que incluyen la Universidad de California San Diego (UCSD), el Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM, el depto de Biología de Sistemas de la escuela de medicina de Harvard y Cold Spring Harbor. Actualmente es Investigador lidel en el laboratorio de Biología de Sistemas y estudio de enfermedades humanas en el INMEGEN y la RAI-UNAM (https://resendislab.github.io/).

En 2003 inició como investigador en el Centro de Ciencias Genómicas-UNAM con proyectos en metabólismo y el estudio de redes de regulación transcripcional en E. coli. Posteriormente en 2013 se integrá al INMEGEN para desarrollar la línea de investigación en Biología de Sistemas, englobando proyectos dirigidos a entender las alteraciones metabólicas en cáncer y la modelación a escala genómica del metabolismo humano. Durante este tiempo sus líneas de investigación han tenido contribuciones importantes, tales como la reconstrucción metabólica del primer genoma reconstruido en Mexico (R.etli), el estudio sistemático de modelos computacionales para explorar el fenotipo metabólico en cáncer, y el desarrollo de modelos computacionales para explorar el fenotipo metabólico del microbioma y su relación con la diabétes.

Ha publicado 28 artículos de investigación en revistas internacionales especializadas en Biología de Sistemas, 12 capítulos de libro y ha sido editor de dos libros enfocados a la biología de sistemas del metabolismo. Muchos de los resultados de las líneas mencionados se han publicado en revistas de alto impacto, tales como Scientific Reports, Trends in Genetics, FEMS microbiology Review y Plos Comp Biology y cuenta con cerca de 860 citas. También es editor de la revista Frontiers in Physiology y fue editor dos libros de circulacion internacional ambos de Springer. Ha dirigido 5 tesis, que incluyen 2 de doctorado, 2 de maestría y 1 de licenciatura. Desde 2010 es profesor del Posgrado en ciencias biomedicas, bioquímicas y biológicas de la UNAM. Ha recibido premios y distinciones que incluyen la medalla al merito académico por sus estudios de maestría y doctorado, UC MEXUS-CONACYT Postdoctoral Fellowship y la Cátedra de Biología de Sistemas en el INMEGEN. Destaca su participación como fundador de la sociedad iberoamericana de bioinformática y recipiente del apoyo otorgado por MIT International Science and Technology Initiatives (MISTI) para el estudio de la relación microbioma y diabetes. También fue ganador de medalla de oro, plata y bronce en la competencia InternationaI Genetically Engineered Machine (iGEM), una competencia internacional enfocada al desarrollo de proyectos en biología sintética.

Artículos Destacados

• Resendis-Antonio O, Gonzalez-Torres C, Jaime-Munoz G, Hernandez-Patino CE, Salgado-Munoz CF. Modeling metabolism: A window toward a comprehensive interpretation of networks in cancer. Semin Cancer Biol. 2014 Apr 18; 30C:79-87.

Artículos

• Martinez-Lopez YE, Neri-Rosario D, Esquivel-Hernandez DA, Padron-Manrique C, Vazquez-Jimenez A, Sanchez-Castaneda JP, Giron-Villalobos D, Mendoza-Ortiz C, Reyes-Escogido ML, Evia-Viscarra ML, Aguilar-Garcia A, Resendis-Antonio O, Guardado-Mendoza R. Author Correction: Effect of metformin and metformin/linagliptin on gut microbiota in patients with prediabetes. Sci Rep. 2024 Sep 10; 14(1):21124.

• Cristian PM, Aaron VJ, Armando ED, Estrella MY, Daniel NR, David GV, Edgar M, Paul SJ, Osbaldo RA. Diffusion on PCA-UMAP Manifold: The Impact of Data Structure Preservation to Denoise High-Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data. Biology (Basel). 2024 Jul 9; 13(7):None.

• Perez B, Torre-Villalvazo I, Wilson-Verdugo M, Lau-Corona D, Mucino-Olmos E, Coutino-Hernandez D, Noriega-Lopez L, Resendis-Antonio O, Valdes VJ, Torres N, Tovar AR. Epigenetic reprogramming of H3K4me3 in adipose-derived stem cells by HFS diet consumption leads to a disturbed transcriptomic profile in adipocytes. Am J Physiol Endocrinol Metab. 2024 Jul 1; 327(1):E13-E26.

• Estrella MY, Daniel NR, Armando ED, Cristian PM, Aaron VJ, Paul SJ, David GV, Cristian MO, de Lourdes RM, Lola EM, Alberto AG, Osbaldo RA, Rodolfo GM. Effect of metformin and metformin/linagliptin on gut microbiota in patients with prediabetes. Sci Rep. 2024 Apr 27; 14(1):9678.

• Idelfonso-Garcia OG, Alarcon-Sanchez BR, Guerrero-Escalera D, Lopez-Hernandez NA, Perez-Hernandez JL, Pacheco-Rivera R, Serrano-Luna J, Resendis-Antonio O, Mucino-Olmos EA, Aparicio-Bautista DI, Basurto-Islas G, Baltierrez-Hoyos R, Vasquez-Garzon VR, Villa-Trevino S, Muriel P, Serrano H, Perez-Carreon JI, Arellanes-Robledo J. Nucleoredoxin Redox Interactions Are Sensitized by Aging and Potentiated by Chronic Alcohol Consumption in the Mouse Liver. Antioxidants (Basel). 2024 Feb 20; 13(3):None.

• Romo-Rodriguez R, Gutierrez-de Anda K, Lopez-Blanco JA, Zamora-Herrera G, Cortes-Hernandez P, Santos-Lopez G, Marquez-Dominguez L, Vilchis-Ordonez A, Ramirez-Ramirez D, Balandran JC, Parra-Ortega I, Resendis-Antonio O, Dominguez-Ramirez L, Lopez-Macias C, Bonifaz LC, Arriaga-Pizano LA, Cerbulo-Vazquez A, Ferat-Osorio E, Chavez-Gonzalez A, Trevino S, Brambila E, Ramos-Sanchez MA, Toledo-Tapia R, Dominguez F, Bayran-Flores J, Cruz-Oseguera A, Reyes-Leyva JR, Mendez-Martinez S, Ayon-Aguilar J, Trevino-Garcia A, Monjaraz E, Pelayo R. Chronic Comorbidities in Middle Aged Patients Contribute to Ineffective Emergency Hematopoiesis in Covid-19 Fatal Outcomes. Arch Med Res. 2023 Apr; 54(3):197-210.

• Guizar-Heredia R, Noriega LG, Rivera AL, Resendis-Antonio O, Guevara-Cruz M, Torres N, Tovar AR. A New Approach to Personalized Nutrition: Postprandial Glycemic Response and its Relationship to Gut Microbiota. Arch Med Res. 2023 Apr; 54(3):176-188.

• Esquivel-Hernandez DA, Martinez-Lopez YE, Sanchez-Castaneda JP, Neri-Rosario D, Padron-Manrique C, Giron-Villalobos D, Mendoza-Ortiz C, Resendis-Antonio O. A network perspective on the ecology of gut microbiota and progression of type 2 diabetes: Linkages to keystone taxa in a Mexican cohort. Front Endocrinol (Lausanne). 2023; 14:1128767.

• Avila-Ponce de Leon U, Vazquez-Jimenez A, Cervera A, Resendis-Gonzalez G, Neri-Rosario D, Resendis-Antonio O. Machine Learning and COVID-19: Lessons from SARS-CoV-2. Adv Exp Med Biol. 2023; 1412:311-335.

• Neri-Rosario D, Martinez-Lopez YE, Esquivel-Hernandez DA, Sanchez-Castaneda JP, Padron-Manrique C, Vazquez-Jimenez A, Giron-Villalobos D, Resendis-Antonio O. Dysbiosis signatures of gut microbiota and the progression of type 2 diabetes: a machine learning approach in a Mexican cohort. Front Endocrinol (Lausanne). 2023; 14:1170459.

• Avila-Ponce de Leon U, Vazquez-Jimenez A, Padilla-Longoria P, Resendis-Antonio O. Uncoding the interdependency of tumor microenvironment and macrophage polarization: insights from a continuous network approach. Front Immunol. 2023; 14:1150890.

• Torres-Flores U, Diaz-Espinosa F, Lopez-Santaella T, Rebollar-Vega R, Vazquez-Jimenez A, Taylor IJ, Ortiz-Hernandez R, Echeverria OM, Vazquez-Nin GH, Gutierrez-Ruiz MC, De la Rosa-Velazquez IA, Resendis-Antonio O, Hernandez-Hernandez A. Spermiogenesis alterations in the absence of CTCF revealed by single cell RNA sequencing. Front Cell Dev Biol. 2023; 11:1119514.

• Esquivel-Hernandez DA, Sanchez-Castaneda JP, Neri-Rosario D, Guardado-Mendoza R, Resendis-Antonio O. Type 2 diabetes, gut microbiome, and systems biology: A novel perspective for a new era. Gut Microbes. 2022 DEC 31; 14(1):None.

• de Leon UAP, Vazquez-Jimenez A, Matadamas-Guzman M, Resendis-Antonio O. Boolean modeling reveals that cyclic attractors in macrophage polarization serve as reservoirs of states to balance external perturbations from the tumor microenvironment. Front Immunol. 2022 DEC 5; 13:None.

• de Leon UAP, Resendis-Antonio O. Macrophage Boolean networks in the time of SARS-CoV-2. Front Immunol. 2022 OCT 17; 13:None.

• Barajas-Martinez A, Mehta R, Ibarra-Coronado E, Fossion R, Martinez Garces VJ, Arellano MR, Gonzalez Alvarez IA, Bautista YVM, Bello-Chavolla OY, Pedraza NR, Encinas BR, Carrion CIP, Avila MIJ, Valladares-Garcia JC, Vanegas-Cedillo PE, Juarez DH, Vargas-Vazquez A, Antonio-Villa NE, Almeda-Valdes P, Resendis-Antonio O, Hiriart M, Frank A, Aguilar-Salinas CA, Rivera AL. Physiological Network Is Disrupted in Severe COVID-19. Frontiers in Physiology. 2022; 13:848172.

• Guerrero-Escalera D, Alarcon-Sanchez BR, Arellanes-Robledo J, Cruz-Rangel A, Del Pozo-Yauner L, Chagoya de Sanchez V, Resendis-Antonio O, Villa-Trevino S, Torres-Mena JE, Perez-Carreon JI. Comparative subcellular localization of NRF2 and KEAP1 during the hepatocellular carcinoma development in vivo. Biochim Biophys Acta Mol Cell Res. 2022 May; 1869(5):119222.

• Vazquez-Jimenez A, Avila-Ponce De Leon UE, Matadamas-Guzman M, Mucino-Olmos EA, Escobedo-Tapia T, Resendis-Antonio O. On Deep Landscape Exploration of COVID-19 Patients Cells and Severity Markers. Front Immunol. 2021; 12:705646.

• Avila-Ponce de Leon U, Vazquez-Jimenez A, Matadamas-Guzman M, Pelayo R, Resendis-Antonio O. Transcriptional and Microenvironmental Landscape of Macrophage Transition in Cancer: A Boolean Analysis. Front Immunol. 2021; 12:642842.

• Barajas-Martinez A, Ibarra-Coronado E, Fossion R, Toledo-Roy JC, Martinez-Garces V, Lopez-Rivera JA, Tello-Santoyo G, Lavin RD, Gomez JL, Stephens CR, Aguilar-Salinas CA, Estanol B, Torres N, Tovar AR, Resendis-Antonio O, Hiriart M, Frank A, Rivera AL. Sex Differences in the Physiological Network of Healthy Young Subjects. Frontiers in Physiology. 2021; 12:678507.

• Martinez-Greene JA, Hernandez-Ortega K, Quiroz-Baez R, Resendis-Antonio O, Pichardo-Casas I, Sinclair DA, Budnik B, Hidalgo-Miranda A, Uribe-Querol E, Ramos-Godinez MDP, Martinez-Martinez E. Quantitative proteomic analysis of extracellular vesicle subgroups isolated by an optimized method combining polymer-based precipitation and size exclusion chromatography. J Extracell Vesicles. 2021 Apr; 10(6):e12087.

• Diener C, Reyes-Escogido ML, Jimenez-Ceja LM, Matus M, Gomez-Navarro CM, Chu ND, Zhong V, Tejero ME, Alm E, Resendis-Antonio O, Guardado-Mendoza R. Progressive Shifts in the Gut Microbiome Reflect Prediabetes and Diabetes Development in a Treatment-Naive Mexican Cohort. Front Endocrinol (Lausanne). 2021; 11:602326.

• Aaron Vazquez-Jimenez, Osbaldo Resendis-Antonio. Stochastic Analysis of the RT-PCR Process in Single-Cell RNA-Seq. Am J Med Genet. 2021 oct ; 9(19):None.

• Matadamas-Guzman M, Zazueta C, Rojas E, Resendis-Antonio O. Analysis of Epithelial-Mesenchymal Transition Metabolism Identifies Possible Cancer Biomarkers Useful in Diverse Genetic Backgrounds. Front Oncol. 2020; 10:1309.

• Mucino-Olmos EA, Vazquez-Jimenez A, Avila-Ponce de Leon U, Matadamas-Guzman M, Maldonado V, Lopez-Santaella T, Hernandez-Hernandez A, Resendis-Antonio O. Unveiling functional heterogeneity in breast cancer multicellular tumor spheroids through single-cell RNA-seq. Sci Rep. 2020 Jul 29; 10(1):12728.

• Banzhaf M, Resendis-Antonio O, Zepeda-Mendoza ML. Uncovering the Dynamic Mechanisms of the Pseudomonas Aeruginosa Quorum Sensing and Virulence Networks Using Boolean Modelling. IEEE Trans Nanobioscience. 2020 Jul; 19(3):394-402.

• Lieven C, Beber ME, Olivier BG, Bergmann FT, Ataman M, Babaei P, Bartell JA, Blank LM, Chauhan S, Correia K, Diener C, Drager A, Ebert BE, Edirisinghe JN, Faria JP, Feist AM, Fengos G, Fleming RMT, Garcia-Jimenez B, Hatzimanikatis V, van Helvoirt W, Henry CS, Hermjakob H, Herrgard MJ, Kaafarani A, Kim HU, King Z, Klamt S, Klipp E, Koehorst JJ, Konig M, Lakshmanan M, Lee DY, Lee SY, Lee S, Lewis NE, Liu F, Ma H, Machado D, Mahadevan R, Maia P, Mardinoglu A, Medlock GL, Monk JM, Nielsen J, Nielsen LK, Nogales J, Nookaew I, Palsson BO, Papin JA, Patil KR, Poolman M, Price ND, Resendis-Antonio O, Richelle A, Rocha I, Sanchez BJ, Schaap PJ, Sheriff RSM, Shoaie S, Sonnenschein N, Teusink B, Vilaca P, Vik JO, Wodke JAH, Xavier JC, Yuan Q, Zakhartsev M, Zhang C. Publisher Correction: MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing. Nat Biotechnol. 2020 Apr; 38(4):504.

• Lieven C, Beber ME, Olivier BG, Bergmann FT, Ataman M, Babaei P, Bartell JA, Blank LM, Chauhan S, Correia K, Diener C, Drager A, Ebert BE, Edirisinghe JN, Faria JP, Feist AM, Fengos G, Fleming RMT, Garcia-Jimenez B, Hatzimanikatis V, van Helvoirt W, Henry CS, Hermjakob H, Herrgard MJ, Kaafarani A, Kim HU, King Z, Klamt S, Klipp E, Koehorst JJ, Konig M, Lakshmanan M, Lee DY, Lee SY, Lee S, Lewis NE, Liu F, Ma H, Machado D, Mahadevan R, Maia P, Mardinoglu A, Medlock GL, Monk JM, Nielsen J, Nielsen LK, Nogales J, Nookaew I, Palsson BO, Papin JA, Patil KR, Poolman M, Price ND, Resendis-Antonio O, Richelle A, Rocha I, Sanchez BJ, Schaap PJ, Malik Sheriff RS, Shoaie S, Sonnenschein N, Teusink B, Vilaca P, Vik JO, Wodke JAH, Xavier JC, Yuan Q, Zakhartsev M, Zhang C. MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing. Nat Biotechnol. 2020 Mar; 38(3):272-276.

• Diener C, Gibbons SM, Resendis-Antonio O. MICOM: Metagenome-Scale Modeling To Infer Metabolic Interactions in the Gut Microbiota. mSystems. 2020 Jan 21; 5(1):.

• Mucino-Olmos EA, Vazquez-Jimenez A, Lopez-Esparza DE, Maldonado V, Valverde M, Resendis-Antonio O. MicroRNAs Regulate Metabolic Phenotypes During Multicellular Tumor Spheroids Progression. Front Oncol. 2020; 10:582396.

• Ruiz G, Valencia-Gonzalez HA, Perez-Montiel D, Munoz F, Ocadiz-Delgado R, Fernandez-Retana J, Perez-Plasencia C, Resendis-Antonio O, Gariglio P, Garcia-Carranca A. Genes Involved in the Transcriptional Regulation of Pluripotency Are Expressed in Malignant Tumors of the Uterine Cervix and Can Induce Tumorigenic Capacity in a Nontumorigenic Cell Line. Stem Cells Int. 2019; 2019:7683817.

• Lopez-Rosas I, Lopez-Camarillo C, Salinas-Vera YM, Hernandez-de la Cruz ON, Palma-Flores C, Chavez-Munguia B, Resendis-Antonio O, Guillen N, Perez-Plasencia C, Alvarez-Sanchez ME, Ramirez-Moreno E, Marchat LA. Entamoeba histolytica Up-Regulates MicroRNA-643 to Promote Apoptosis by Targeting XIAP in Human Epithelial Colon Cells. Front Cell Infect Microbiol. 2019; 8:437.

• Hale VL, Jeraldo P, Chen J, Mundy M, Yao J, Priya S, Keeney G, Lyke K, Ridlon J, White BA, French AJ, Thibodeau SN, Diener C, Resendis-Antonio O, Gransee J, Dutta T, Petterson XM, Sung J, Blekhman R, Boardman L, Larson D, Nelson H, Chia N. Distinct microbes, metabolites, and ecologies define the microbiome in deficient and proficient mismatch repair colorectal cancers. Genome Med. 2018 Oct 31; 10(1):78.

• Hale VL, Jeraldo P, Mundy M, Yao J, Keeney G, Scott N, Cheek EH, Davidson J, Green M, Martinez C, Lehman J, Pettry C, Reed E, Lyke K, White BA, Diener C, Resendis-Antonio O, Gransee J, Dutta T, Petterson XM, Boardman L, Larson D, Nelson H, Chia N. Synthesis of multi-omic data and community metabolic models reveals insights into the role of hydrogen sulfide in colon cancer. Methods. 2018 Apr 26; 149:.

• Contreras AV, Cocom-Chan B, Hernandez-Montes G, Portillo-Bobadilla T, Resendis-Antonio O. Host-Microbiome Interaction and Cancer: Potential Application in Precision Medicine. Frontiers in Physiology. 2017; 7:606.

• Gutierrez Najera NA, Resendis-Antonio O, Nicolini H. "Gestaltomics": Systems Biology Schemes for the Study of Neuropsychiatric Diseases. Frontiers in Physiology. 2017; 8:286.

• Valadez-Cano C, Olivares-Hernandez R, Resendis-Antonio O, DeLuna A, Delaye L. Natural selection drove metabolic specialization of the chromatophore in Paulinella chromatophora. BMC Evol Biol. 2017 Apr 14; 17(1):99.

• Diener C, Resendis-Antonio O. Personalized Prediction of Proliferation Rates and Metabolic Liabilities in Cancer Biopsies. Frontiers in Physiology. 2017; 7:644.

• Jalili M, Salehzadeh-Yazdi A, Gupta S, Wolkenhauer O, Yaghmaie M, Resendis-Antonio O, Alimoghaddam K. Evolution of Centrality Measurements for the Detection of Essential Proteins in Biological Networks. Frontiers in Physiology. 2016; 7:375.

• Resendis-Antonio O, Diener C. Editorial: Systems Biology and the Challenge of Deciphering the Metabolic Mechanisms Underlying Cancer. Frontiers in Physiology. 2016 JUL 28; 8:.

• Diener C, Munoz-Gonzalez F, Encarnacion S, Resendis-Antonio O. The space of enzyme regulation in HeLa cells can be inferred from its intracellular metabolome. Sci Rep. 2016; 6:28415.

• Resendis-Antonio O, Hernandez M, Mora Y, Encarnacion S. Functional modules, structural topology, and optimal activity in metabolic networks. PLoS Comput Biol. 2012; 8(10):e1002720.

• Resendis-Antonio O, Hernandez M, Salazar E, Contreras S, Batallar GM, Mora Y, Encarnacion S. Systems biology of bacterial nitrogen fixation: high-throughput technology and its integrative description with constraint-based modeling. BMC Syst Biol. 2011; 5:120.

• Higareda-Almaraz JC, Enriquez-Gasca Mdel R, Hernandez-Ortiz M, Resendis-Antonio O, Encarnacion-Guevara S. Proteomic patterns of cervical cancer cell lines, a network perspective. BMC Syst Biol. 2011; 5:96.

• Resendis-Antonio O, Checa A, Encarnacion S. Modeling core metabolism in cancer cells: surveying the topology underlying the Warburg effect. PLoS One. 2010; 5(8):e12383.

• Resendis-Antonio O. Filling kinetic gaps: dynamic modeling of metabolism where detailed kinetic information is lacking. PLoS One. 2009; 4(3):e4967.

• Balleza E, Lopez-Bojorquez LN, Martinez-Antonio A, Resendis-Antonio O, Lozada-Chavez I, Balderas-Martinez YI, Encarnacion S, Collado-Vides J. Regulation by transcription factors in bacteria: beyond description. FEMS Microbiol Rev. 2009 Jan; 33(1):133-51.

• Resendis-Antonio O, Reed JL, Encarnacion S, Collado-Vides J, Palsson BO. Metabolic reconstruction and modeling of nitrogen fixation in Rhizobium etli. PLoS Comput Biol. 2007 Oct; 3(10):1887-95.

• Resendis-Antonio O, Freyre-Gonzalez JA, Menchaca-Mendez R, Gutierrez-Rios RM, Martinez-Antonio A, Avila-Sanchez C, Collado-Vides J. Modular analysis of the transcriptional regulatory network of E. coli. Trends Genet. 2005 Jan; 21(1):16-20.

Estancia Posdoctoral

• Juan José Oropeza Valdez

Tesista de Doctorado

• Jorge Enrique Arellano Villavicencio
• Víctor Sánchez Flores

Tesista de Maestría

• Gabriela Montserrat Torres Fernández
• Samaria Johana Gutiérrez Félix
• Yael Alejandro Hernández Colín

En curso

• Caracterización de la composición y diversidad de la microbiota intestinal: impacto en la pérdida de la masa ósea y sus principales complicaciones.
• LOS NUTRIENTES COMO ZEITGEBERS: RESPUESTAS TRANSCRIPCIONALES EN EL NUCLEO VENTROMEDIAL DEL HIPOTÁLAMO IMPLICADAS EN EL CONTROL DEL BALANCE ENERGÉTICO

Terminados

• Análisis y comparación de la composición taxonómica y funcionamiento metabólico del microbioma intestinal en pacientes mexicanos con prediabetes y diabetes tipo 2.
• Biología de sistemas en cáncer: Análisis del metabolismo en líneas celulares cancerosas a través de un esquema integral entre modelos computacionales y datos de tecnología genómica.
• Estudio del metaboloma en orina y plaquetas en enfermedades psiquiátricas
• Estudio del microbioma intestinal y su asociación con respuestas a terapias en pacientes con prediabetes.
• Metaboloma y sus implicaciones para estudiar la heterogeneidad metabólica en cáncer.
• NEUROCIENCIAS DE SISTEMAS EN EL ESTUDIO DEL CONTROL DEL BALANCE ENERGÉTICO A TRAVÉS DE LOS DISTINTOS RELOJES HIPOTALÁMICOS: INTEGRACIÓN DE RESPUESTAS NEURONALES, FISIOLÓGICAS Y METABÓLICAS