- Posicionar al INMEGEN como motor del desarrollo de la medicina genómica en México.

- Operar el INMEGEN como un sistema organizacional novedoso, dinámico y eficiente, con desarrollo pleno de sus ventajas competitivas, fincando esto en principios sólidos, de calidad y excelencia, bajo un compromiso y responsabilidad social.

- Potencializar una medicina genómica que contribuya a una práctica médica más individualizada, más predictiva y más preventiva.

- Impulsar el desarrollo científico y tecnológico relacionado con la medicina genómica en méxico.

- Desarrollar nuevas oportunidades de tratamiento como la farmacogenómica.

- Provocar ahorros significativos en la atención a la salud, mediante la aplicación de resultados de las investigaciones científicas del instituto.

- Impulsar la producción de nuevos bienes y servicios relacionados con el cuidado de la salud de la población mexicana.

- Ofrecer las bases para una práctica médica basada en la estructura genómica de las poblaciones mexicanas y en sus necesidades epidemiológicas.

- Formar recursos humanos de alta calidad y excelencia, que respondan a las necesidades que requiere el desarrollo de la medicina genómica y áreas afines en México.

- Integrar a la práctica médica, en forma sistemática, herramientas de diagnóstico y tratamiento genómico.

- Fomentar y desarrollar programas académicos en medicina genómica conjuntando recursos humanos y materiales de alta calidad.

- Establecer mecanismos que aseguren el cumplimiento del marco ético, legal y social de la medicina genómica.

- Establecer alianzas estratégicas para generar una robusta vinculación horizontal en tres vertientes: académica, aplicativa e industrial con instituciones nacionales e internacionales relacionadas con la medicina genómica e impulsar al INMEGEN a nivel internacional.

- Divulgar los resultados de la investigación en medicina genómica a la comunidad científica y a la sociedad en general.

- Cimentar un sistema de propiedad intelectual asociado a los proyectos de investigación del INMEGEN y estimular el desarrollo de nuevos negocios de base genómica con responsabilidad social.