Durante la pandemia de COVID-19, el Instituto Nacional de Medicina Genómica tuvo un papel fundamental en la vigilancia y monitoreo de las variantes del virus SARS-CoV-2 en México. Como parte del esfuerzo nacional para entender y controlar la propagación del virus, el Inmegen lideró iniciativas clave que permitieron la detección temprana y el seguimiento de variantes que surgieron en nuestro territorio o que fueron importadas.

Desde marzo del 2020, el Inmegen conformó un grupo integrado por investigadores de diferentes especialidades para responder al reto de la emergencia sanitaria por la pandemia de COVID-19, que se coordinó con otros Institutos Nacionales de Salud, la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y con la Secretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación del Gobierno de la Ciudad de México (SECTEI).

En este contexto se implementó el proyecto: «Programa de Investigación COVID-19 CDMX: aplicación de estrategias para el conocimiento de la prevalencia de la infección por SARS-CoV-2 y validación de pruebas para diagnóstico en población abierta de la Ciudad de México», el cual permitió el análisis de muestras de individuos provenientes de las diversas jurisdicciones sanitarias de la Ciudad de México en el Inmegen. Asimismo, se logró contribuir al abordaje de la epidemia con soluciones tecnológicas novedosas, tales como modelos matemáticos epidemiológicos, en colaboración con diferentes instituciones del Sector Salud.

Se promovió el desarrollo de diferentes proyectos de Investigación de naturaleza colaborativa con el Instituto Nacional de Ciencias Médicas y Nutrición Salvador Zubirán (INCMNSZ), el Instituto Nacional de Cancerología (INCan), las Facultades de Ciencias y de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM, y la SECTEI.

En el marco de este proyecto, el Inmegen habilitó uno de sus laboratorios para dedicarlo íntegramente a la detección del virus SARS-CoV-2 mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-qPCR). Una vez puesto en operación, el laboratorio recibió el reconocimiento del Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos “Dr. Manuel Martínez Báez” (InDRE) para llevar a cabo el diagnóstico en la lista publicada el 11 de mayo del 2020.

Investigación de vanguardia
Uno de los primeros logros del Inmegen fue la rápida implementación de tecnología de secuenciación de nueva generación para analizar las muestras de SARS-CoV-2 obtenidas de pacientes en todo el país. Utilizando secuenciación de segunda y tercera generación, este enfoque permitió al Instituto no sólo detectar la presencia del virus, sino también identificar mutaciones genéticas que podrían indicar el surgimiento de nuevas variantes.

De julio de 2020 a mayo de 2024, se han publicado 62 artículos, entre los cuales se describe el origen de la variante B.1.1.519 en México y su asociación a enfermedad grave y hospitalización, así como la descripción genómica de los primeros casos de la variante de Ómicron BA.1. Un tercer artículo que valida el uso de saliva como muestra biológica para la detección de SARS-CoV-2; otro artículo que describe la tasa de reinfección en Ciudad de México.

Secuenciación genómica: descifrando el virus
Una de las contribuciones más significativas del Inmegen fue la secuenciación del genoma del SARS-CoV-2 en México. Esto permitió comprender mejor las características genéticas del virus que circulaba en el país, lo que fue fundamental para el desarrollo de pruebas diagnósticas, vacunas y tratamientos más específicos. Al secuenciar todas estas muestras, el Inmegen generó una valiosa base de datos que permitió rastrear la evolución del virus y detectar nuevas variantes.

• 30,198 genomas de SARS-CoV-2 secuenciados en Inmegen y compartidos en la plataforma internacional GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data), 28% del interior de la República (lo que recalca el papel nacional), 17% de EDOMEX y 55% de CDMX


• El Inmegen es la institución en México que más genomas de SARS-CoV-2 ha secuenciado; 1 de cada 3 genomas fue secuenciado en Inmegen


• Con un proceso altamente eficiente, el Inmegen logró identificar nuevas variantes del virus en sólo dos semanas, un tiempo de respuesta comparable al de los laboratorios más avanzados de Europa


• Inmegen detectó las primeras introducciones al país de las siguientes variantes de importancia etiquetadas por la Organización Mundial de la Salud (OMS): BA.1, BA.2, BA.4, BA.5, BA.2.75, XBB.1.5, EG.5.1, JN.1, KP.2 y KP.3

Sede de vacunación
Además de su labor de investigación, el Inmegen se convirtió en sede de vacunación para tres alcaldías de la Ciudad de México: Tlalpan, Xochimilco y Coyoacán. Al abrir sus puertas a la comunidad capitalina, el Instituto contribuyó de manera directa a la inmunización de la población, acelerando así el proceso de vacunación y protegiendo a las personas más vulnerables, empezando por su propio personal, maestros y personas en general.

Aprendizajes de la pandemia y acciones al futuro
La experiencia acumulada por el Inmegen en estos años de pandemia no sólo refuerza la infraestructura genómica del país, sino que también establece un precedente para futuros patógenos emergentes con potencial pandémico, posicionando a México como un referente en la vigilancia genómica a nivel internacional. El programa de vigilancia genómica de patógenos sigue activo en Inmegen y es liderado por el Dr. Alberto Cedro Tanda.